Em 1845, é construída a primeira capela em devoção ao Divino Espírito Santo, padroeira da comunidade, a partir daí o povoado começa a adquirir aspecto de cidade com aparência das existentes ao Sul de Minas Gerais cuja base econômica se dava apenas pela criação de gado e cultivo de lavoura para subsistência da população local.
Desta forma, seduzidos pelas terras rudimentares de Goiás, mais imigrantes, procedentes também de Minas Gerais, chegam à região do sudoeste goiano.

Outro fato importante é que as famílias desbravadoras necessitavam documentar as terras que ocupavam e, como já se encontrava em vigência o Decreto Imperial nº 1.318 de 1854 (Lei das Terras), que regulavam a concessão de títulos paroquiais de terras devolutas. Com isso, o Senhor José do Carmo Goulart de Andrade e sua esposa Maria Leopodina Junqueira Vilela, resolveram ir à Capital da Província de Goiáz, a época Cidade de Goiás, requer 4 (quatro) lotes dessas terras, localizadas na bacia do Rio Caiapó, Rio Claro e Rio Bonito. Os quais foram concedidos em 1856.
Por se tratar de vasta área de terras, era necessário que alguém de confiança fizesse a distribuição dessas terras, assim trouxeram um padre por nome de Antônio Dias Pais de Couto o qual formalizou e distribuiu os lotes de terras às famílias colonizadoras.
Posteriormente, fizeram os registros dos títulos concedidos no Livro de Tombo. Sendo que hoje tais livros, encontram-se arquivados na Procuradoria Geral do Estado de Goiás.

Em 1881, o Senhor José do Carmo veio a falecer, deixando 3 (três) filhos. Um deles, por nome de Manoel Joaquim Vilela “Major Neca”, casou-se em 1864 com sua prima, Ana Cândida Vilela - filha de Joaquim José Junqueira Vilela e Antônia Maria Vilela, também fundadores do município e, assim, deram continuidade à obra de seus pais.
Pelo fato, das terras do senhor “Major Neca”, ou seja, Fazenda Torres do Rio Bonito, se encontrarem bem localizadas geograficamente, ou seja, o famoso acidente geográfico “Gigante Adormecido” o qual se encontrava no vale do Rio Bonito, com uma altitude privilegiada e ainda por conter o córrego (buriti) que se prestou a fornecer água às pessoas daquela época, foi feita uma doação de cerca de 700 (setecentos) alqueires em favor da capela do Divino Espírito Santo, padroeiro do povoado, para a formação da comunidade.
O lugarejo, em 1864, recebeu o mesmo nome da terra da qual se originou, isto é: Torres do Rio Bonito.

Com o passar do tempo e o progresso fazendo-se presente, criou-se o Distrito das Torres do Rio Bonito (Lei Provincial nº 01 de 1855), àquela época pertencente ao Município de Rio Verde. Não demorou muito e o Distrito, em 29 de Julho de 1873, com advento da Lei Provincial nº 508, passa-se à condição de Município e passando também a se chamar Rio Bonito.
O falecimento do fundador e seus descendentes.
Em 1917, o então fundador do Município o Senhor Major Neca falece, deixando 4 (quatro) filhos: Joaquim Antônio Goulart Vilela; Umbelino Goulart Vilela; Ana Teodolina Vilela e Petrônilha Maria Vilela. Sendo que está última veio a ficara com toda a documentação existente sobre a fundação do Município.
O casal - Petronilha e Antônio Zecarias de Andrade-teve 4 (quatro filhos): Manoel Zacarias de Andrade; Sebastião Zacarias de Andrade; Brasilina Maria Vilela e Ana Goulart de Andrade (mutosa).
Importante salientar, que Ana Goulart de Andrade casada com João Batista da Luz é a única neta existente, até a data de hoje - 08 de outubro de 2006, do fundador de Caiapônia Manoel Joaquim Vilela (Major Neca).

Oportuno destacar a passagem da coluna preste, comandada pela tropa legalista do Major Bertoldo Klinger em 5 de julho de 1925. Os revoltosos (como eram chamados) provocaram incêndios em varias propriedades, além de assassinarem 3 (três) funcionários da Fazenda Monte de propriedade do Senhor Antônio Zacarias de Andrade. Também queimaram boa parte dos registros da história de Rio Bonito.
O nome Rio Bonito permaneceu-se até o ano de 1943, quando veio o Decreto Lei 8.035/1943 e, com isso, o Município passa a se chamar Caiapônia, nome que até a presente data tem-se ostentado.

Um fato importante é que Caiapônia, durante vários anos, tinha inserido em seu território os Distritos de Piranhas, Baliza, Bom Jardim, Aragarças, Doverlândia, Palestina de Goiás, e até mesmo parte dos Distritos do Estado do Mato Grosso como: Santa Rita do Araguaia e Alto Araguaia; hoje todos já emancipados. Aquele tempo as divisões eram feitas por prelazia, ou seja, títulos provinciais.
Assim, pelo fato de vários títulos de imóveis terem sido registrados à época em que, tais Distritos pertenciam ao Município de Torres do Rio Bonito, atualmente Caiapônia, ainda se vê documentos que fazem referências a tais títulos.

Caiapônia localiza se na mesorregião Sul goiano e na microrregião sudoeste de Goiás, no cruzamento das rodovias GO 221 e BR 158, a uma distância de 327 km da capital do Estado de Goiás.
O município ocupa uma área de 8.682 Km2, o equivalente a 2,54% do território goiano, encontra-se a 735 m de altura, chegando a mais de 1000m acima do nível do mar em alguns pontos da serra do Caiapó. A topografia apresenta-se: 60% ondulada 30% plana e 10% montanhosa.
A temperatura média anual é de 23°c.
A vegetação predominante é o cerrado e o clima classifica se como tropical úmido.
O município é hoje interligado com boas estradas de rodagem aos municípios: Doverlândia, Mineiros, Jataí, Palestina de Goiás, e Montividiu.
Tem como municípios limítrofes ao norte: Piranhas, Palestina de Goiás, ao Sul: Mineiros e Jataí, a leste: Montividiu, a oeste Doverlândia.